1、从根须区别：无根豆芽没有根须；有根豆芽有根须或者有支根突起。2、从培育期区别：有根豆芽属于传统方法培育；无根豆芽属于无根水培育。3、从安全性区别：有根豆芽多为农民种植养成，属于有机食品；无根豆芽在生产过程中除大量使用无根剂、防腐剂、增粗剂等化学原料外，还用上了漂白粉、保鲜粉等有毒化工原料。
无根豆芽是经化学药品浸泡而成的有毒豆芽，在不少菜市场里，没有根须、肥胖白净的豆芽占据着大部分市场。无根豆芽与有根豆芽相比，食用率可提高20%，如：1000克黄豆可生成豆芽5000-6000克，1000克绿豆生成绿豆芽8500克-9000克。
豆芽也称芽苗菜，又名巧芽、豆芽菜、如意菜、掐菜、银芽、银针、银苗、芽心、大豆芽、清水豆芽，是各种谷类、豆类、树类的种子培育出可以食用的“芽菜”，也称“活体蔬菜”。
传统的豆芽是指黄豆芽这一种，后来市场上逐渐开发出绿豆芽、黑豆芽，豌豆芽、蚕豆芽等新品种。在食用豆芽时，需要将豆芽的根部去除。
