1、從根鬚區別：無根豆芽沒有根鬚；有根豆芽有根鬚或者有支根突起。2、從培育期區別：有根豆芽屬於傳統方法培育；無根豆芽屬於無根水培育。3、從安全性區別：有根豆芽多為農民種植養成，屬於有機食品；無根豆芽在生產過程中除大量使用無根劑、防腐劑、增粗劑等化學原料外，還用上了漂白粉、保鮮粉等有毒化工原料。
無根豆芽是經化學藥品浸泡而成的有毒豆芽，在不少菜市場裏，沒有根鬚、肥胖白淨的豆芽佔據着大部分市場。無根豆芽與有根豆芽相比，食用率可提高20%，如：1000克黃豆可生成豆芽5000-6000克，1000克綠豆生成綠豆芽8500克-9000克。
豆芽也稱芽苗菜，又名巧芽、豆芽菜、如意菜、掐菜、銀芽、銀針、銀苗、芽心、大豆芽、清水豆芽，是各種穀類、豆類、樹類的種子培育出可以食用的“芽菜”，也稱“活體蔬菜”。
傳統的豆芽是指黃豆芽這一種，後來市場上逐漸開發出綠豆芽、黑豆芽，豌豆芽、蠶豆芽等新品種。在食用豆芽時，需要將豆芽的根部去除。
