柔毛睡蓮的蟲害有小螢葉甲蟲，可用1200倍液敵殺死噴殺。睡蓮縊管蚜，用水沖洗葉片，噴灑殺蟲劑等防治。螺螄為害時，用呋喃丹或敵百蟲混入鋸末，裝到布袋裡，系在葉柄上，袋子浮在水面上，隨水波動，擴散藥液，殺死害蟲。蚜蟲為害時，可以用敵敵畏1000-1200倍液噴灑。
柔毛睡蓮蟲害小螢葉甲蟲
小螢葉甲蟲是柔毛睡蓮毀滅性的害蟲，成蟲在靠近池邊的植被中越冬，春末在葉表產卵，1季可產生2-3代，此時可用水沖洗葉面，這樣成蟲和蛹就會掉到水中，一旦幼蟲為害，可用1200倍液敵殺死噴殺。
柔毛睡蓮蟲害睡蓮縊管蚜
睡蓮縊管蚜為害許多葉片柔軟的水生植物，在夏季，侵害葉片及花莖，導致花色變化。可以用水沖洗葉片，噴灑殺蟲劑等。
柔毛睡蓮蟲害螺螄類
有螺螄為害時，可用呋喃丹或敵百蟲混入鋸末，裝入布袋，系在葉柄上，使袋子浮於水面，隨水波動，擴散藥液，殺死害蟲。
柔毛睡蓮蟲害蚜蟲
蚜蟲為害時，受害葉片可以用敵敵畏1000-1200倍液噴灑，或用50%樂果乳油2000-2500倍液噴灑。
