目前重慶兩江遊發船碼頭一共有兩個，分別為洪崖洞碼頭和朝天門碼頭。其中交運系列和朝天系列登船地點位於洪崖洞碼頭，金碧系列登船碼頭為朝天門碼頭。
重慶兩江遊船路線和登船地點
1、朝天系列（朝天門號、朝天宮號）
登船及下船地點：洪崖洞1號碼頭和2號碼頭（根據現場班次為準）
路線：洪崖洞客運碼頭出發→洪崖洞→千廝門大橋→重慶大劇院→來福士→東水門大橋→湖廣會館→長江索道→南濱路→慈雲寺→朝天門廣場→兩江匯流→洪崖洞客運碼頭下船。
2、交運系列（明珠、交運明月、滿江紅號）：
登船及下船地點：洪崖洞2號碼頭
路線：洪崖洞客運碼頭出發→洪崖洞→千廝門大橋→重慶大劇院→來福士→東水門大橋→湖廣會館→長江索道→南濱路→慈雲寺→朝天門廣場→兩江匯流→洪崖洞客運碼頭下船。
3、金碧系列（金碧皇宮、金碧女王號）
登船及下船地點：朝天門9號碼頭
路線：朝天門碼頭→重慶大劇院→洪崖洞→重慶科技館→兩江匯流→南濱路→湖廣會館→慈雲寺→千佛寺→重慶東水門大橋→海棠煙雨公園→朝天門碼頭。
