首先是安放，右手握住鏡臂，左手托住鏡座，使鏡體保持直立。桌面要清潔、平穩，要選擇臨窗或光線充足的地方。單筒的一般放在左側，距離桌邊3～4釐米處。
檢查顯微鏡是否有毛病，是否清潔，鏡身機械部分可用乾淨軟布擦拭。
鏡筒升至距載物台1～2釐米處，低倍鏡對準通光孔。調節光圈和反光鏡，光線強時用平面鏡，光線弱時用凹面鏡，反光鏡要用雙手轉動。
將玻片放在載物台上，注意有蓋玻片的一面一定朝上。用彈簧夾將玻片固定。
調焦時，先旋轉粗調焦旋鈕慢慢降低鏡筒，並從側面仔細觀察，直到物鏡貼近玻片標本。
若使用單筒顯微鏡，兩眼自然張開，左眼觀察標本，右眼觀察記錄及繪圖，同時左手調節焦距，使物象清晰並移動標本視野。右手記錄、繪圖。
顯微鏡是人類最偉大的發明之一。在它發明出來之前，人類關於周圍世界的觀念侷限在用肉眼，或者靠手持透鏡幫助肉眼所看到的東西。
顯微鏡把一個全新的世界展現在人類的視野裏，人們第一次看到了數以百計的“新的”微小動物和植物，以及從人體到植物纖維等各種東西的內方便就看見部構造。顯微鏡還有助於科學家發現新物種，有助於醫生治療疾病。
