1、运作模式不同：棚户区改造采用“政府主导+国企实施+人才住屋”的模式，温州平阳昆阳镇就属于棚户区改造；旧改遵循“政府引导、市场运作、公众参与”的原则，深圳南山大冲村改造项目走的则是旧改模式。
2、强制性不同：棚改实施过程中，因涉及到公共安全的相关利益，对于少数不服从改造的，都是可以通过行政征收、行政处罚程序等强制执行；旧改则完全遵循自愿原则，必须百分之百的业主同意方可拆除动工。
3、更改对象不同：棚改对象为全市范围内使用年限在20年以上、存在住屋质量安全隐患、使用功能不齐全、配套设施也都不怎么完善的老旧住宅区项目；旧改对象为旧住宅区申请拆除重建城市更新的，建筑物建成时间原则上应不少于20年，满足条件的旧商业区、旧工业区建筑物可放宽至15年的建成时间要求。
4、配建要求不同：棚改除满足拆迁安置的一个需要外，其余住屋均都会配建为人才住屋和保障型住屋，且坚持以租为主，根据辖区人才住屋和保障性住屋的建设供应情况，确定租售比例；旧改则按规定比例配建，无全部配建保障房的要求，可建商品房。
