1、对象不同：健康账户比较灵活，可以适用于本人、父母、配偶、子女等，而个人账户仅限于本人使用，不能挪作他人使用。2、场所不同：健康账户适用于可刷医保卡的任意一个药店，也能用于医院购药的结算，而个人账户只能用于医院结算。3、金额不同：健康账户花销低，故发放金额也低，而个人账户所用的金额比较多，所以发放金额也比较大。
健康账户是指健康综合子账户，也就是指从参保人员个人医疗账户的实际结余资金中划出部分资金设定的，用于本人及其父母、子女、配偶之间的健康综合保障的资金账户。
个人账户是与社会统筹相对应。其模式是指征缴的养老保险费全部进入个人账户，当劳动者步入老年、失去劳动能力、离开劳动力市场后，再按照个人账户积累的金额，领取属于自己的养老金。
这种模式对于劳动者具有一定的激励作用，但没有体现“大数法则”，没有互助共济和风险分担功能，而且基金保值增值压力大。在具体的制度安排中，这种模式总是和完全积累的财务模式联系在一起的。
